Blog de la Red de Biodiversidad y Sistemática en el INECOL

En este espacio público, los investigadores, técnicos y estudiantes del INECOL queremos difundir nuestras actividades y promover la divulgación del conocimiento sobre la biodiversidad y sistemática.
Xalapa, Ver. México. Junio 2008.

04 octubre, 2008

Curso: Teoría y Métodos Cladísticos. 2009


Informes sobre la inscripción aquí

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Dirigido a estudiantes de licenciatura o posgrado.
Profesores:
Dr. Efraín De Luna, Dra. Dolores González, Dr. Pablo Vinuesa y Dra. Rosario Mata.
Posgrado INECOL,
Programado:
10 semanas, Abril-Junio, 2009.

Clase 1. Introducción. Hipótesis sobre Caracteres, Estados, Grupos.
Clase 2. Conceptos, Métodos y Algoritmos. Parsimonia, Verosimilitud y Probabilidades Bayesianas.
Clase 3. Homología Filogenética. Apomorfia, Plesiomorfia, Homoplasia, Polaridad y Sinapomorfia.
Clase 4. Caracteres y Estados. Identidad y Codificación de Estados. Métodos numéricos.
Clase 5. Alineamientos y codificación de indels.
Lab. Variación de caracteres y alineamientos.
Clase 6. Modelos para Pesos a Caracteres y Estados.
Clase 7. Modelos de cambio para morfología y secuencias.
Lab. Matrices de modelos de cambio y pesos de caracteres y estados (MacClade, Mesquite, PAUP y ModelTest).
Clase 8. Linajes, Cladogramas. Espacio de los árboles.
Clase 9. Estrategias de exploración. Consensos, índices de resolución.
Lab. Parsimonia y consensos con WinClada, TNT, PAUP (Mac & Win).
Clase 10. Criterios de optimalidad. Parsimonia.
Clase 11. Criterios de optimalidad. Verosimilitud y Probabilidades Bayesianas.
Lab. Métodos probabilísticos con PAUP y Mr. Bayes (Mac & Win).
Clase 13. Métodos de evaluación (1). IC, IR, DD, g1, PTP, ILD, BS, JK, ppB, t-PTP, BT.
Clase 14. Métodos de evaluación (2). Templeton, K-H & S-H tests, LRT, AIC, BIC, consistencia, eficiencia, robustez.
Lab. Evaluación de matrices y árboles.
Clase 15. Parsimonia mejorada: Homología dinámica.
Clase 16. Matrices de Sankoff, métodos de optimización directa (OD, SBO, IBO), Alineamiento implícito.
Lab. POY (Windows XP & Vista)
Clase 17. Comparación de árboles dentro de la Biogeografía Cladista. Conceptos básicos: cladograma taxonómico de áreas, cladograma resuelto de áreas y cladograma general de áreas. Supuestos: “0”, “1” y “2”.
Clase 18. Filogenia de áreas y parásitos/hospederos. BPA y PACT.
Lab. PACT (Phylogenetic Analysis for Comparing Trees).
Clase 19. Filogenómica: filogenias de genes múltiples y genomas.
Clase 20. Filogeografía: redes de genes y especies.
Clase 21. Comparación y distancias entre árboles. Fusión de árboles heterogéneos. Superárboles con parsimonia y verosimilitud (MRP y MLST).
Clase 22. Matrices concatenadas y modelos heterogéneos con parsimonia y métodos probabilísticos.
Lab. Análisis de estabilidad ante códigos, pesos y modelos heterogéneos.
Presentación de artículos y/o proyectos semestrales.

4 comentarios:

  1. Hola que tal, que requisitos necesito y que debo hacer para poder inscribirme al curso de Teoría y Métodos Cladisticos.

    Mi correo es almaestrella@mexico.com

    ATTE
    Alma García
    Estudiante de doctorado de Ecosur-Chetumal

    ResponderEliminar
  2. Muchas gracias por tu interés en el curso.
    Como requisitos académicos recomendaría un entendimiento muy basico de conceptos y técnicas filogeneticas como homologia, grupos monofileticos y selección de cladogramas. Aunque el curso inicia con estos temas, solo es un repaso rapido para poder pasar a temas avanzados.
    Los procedimientos de inscripción para estudiantes externos los puedes averiguar en la oficina del posgrado con Alejandra.

    ResponderEliminar
  3. Hola!
    yo queria saber si este curso se va a realizar en el año 2010 y como me puedo apuntar. Es presencial o a distancia?

    ResponderEliminar
  4. 2010 definitivamente no. Probablemente durante 2011. En tal caso, el registro siempre es mediante la oficina del Posgrado del INECOL y el curso es siempre presencial.

    ResponderEliminar

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